以行为时法原则为基准，刑事诉讼法时间效力适用的一般规则可作如下表述：第一，刑事诉讼法修正生效时，犯罪行为尚未立案或案件处于立案侦查至判决尚未生效期间的，其后的诉讼程序均应按新法进行；第二，刑事诉讼法修正生效前，已依修正前旧法终结的诉讼活动，其效力不受影响。依照时间效力适用的一般规则，能够妥善处理实践中大多数因刑事诉讼法秩序变动产生的时间效力问题。最典型的是，因刑事诉讼法修正而导致的同一诉讼程序中新旧法选择适用的问题。例如，犯罪嫌疑人在2013年以前涉嫌挪用公款潜逃并被立案侦查，刑事诉讼法修正生效后，司法机关能否对其适用违法所得没收程序？根据行为时法原则，在新法生效后，由于本案仍处于诉讼程序中（侦查阶段），随后的诉讼活动自须受2012年刑事诉讼法调整。此时，检察机关根据新法提出没收违法所得申请，法院应依法受理并作出裁定。然而，现实中的情形更为复杂，当法秩序变动本身存在特殊性或新旧法适用与其他制度交错时，尤是如此。以下选择一些较为突出的实践问题进行探讨。

    一、改革试点对法秩序的变更

    党的十八大以后，决策层部署并启动了一系列涉及刑事诉讼的重大改革试点，包括刑事速裁程序、认罪认罚从宽制度、监察体制改革等，由此，实践中产生了一系列有关刑事诉讼法时间效力的问题。以监察体制改革为例，2016年全国人大常委会作出《关于在北京市、山西省、浙江省开展国家监察体制改革试点工作的决定》，在试点地区暂时调整或者暂时停止适用2012年刑事诉讼法第3条、第18条、第148条以及第二编第二章第十一节关于检察机关对直接受理的案件进行侦查的有关规定，并将大部分职务犯罪的侦查职权转交监察机关行使。在该决定生效后，相关职务犯罪案件正处于试点地区检察机关侦查中的，应如何处理？问题的关键在于，此类决定是否实质变更了刑事诉讼法秩序。引发法秩序变更的主要原因是法律修正，此外，一些带有立法性质但并非立法的活动亦可能造成相同效果。根据宪法第６７条的规定，全国人大常委会拥有立法权与决定权。所谓决定权，是一种对有关事项作出实体性规定和对行为作出规范的权力，这些规定或规范具有法律约束力。其中，某些普遍、反复适用的决定本身即具有立法性质，乃“立法性决定”。虽然较立法决定而言，立法性决定可能未经严格的立法程序，但从规范内容、制定目的、效力等级等方面看，其与立法决定并无明显差异，两者的性质具有同一性。就前述全国人大常委会的决定而言，其对停用刑事诉讼法部分内容的规定，实质上是通过行使立法权，在试点地区合法地造成法律条款暂时失效的悬置状态，其效果与法律修正并无二致。该决定生效后，由于2012年刑事诉讼法关于检察院自侦案件的管辖规定在试点地区已经失效，依行为时法原则，试点地区检察机关继续行使自侦案件侦查权已无法律依据，故应按该决定的要求，将正在侦查的相关案件移交监察机关办理。

    二、司法解释文件的性质定位

    刑事诉讼法司法解释的施行与废止，在观念上也可能引发时间效力问题。例如，公安机关对网络犯罪案件立案侦查后，其管辖权才由2014年《最高人民法院、最高人民检察院、公安部关于办理网络犯罪案件适用刑事诉讼程序若干问题的意见》确定，此时被告人提出的管辖权异议能否得到支持？在此情形中，由于缺乏明确的法律依据，公安机关立案时似乎无法行使管辖，直到相关司法解释施行，依据新的程序规范，该地司法机关才正式取得管辖权。此时，若认为司法解释导致了刑事诉讼法秩序的变更，虽按一般规则适用“新法”应驳回被告人管辖权异议的申请，但亦须确认公安机关立案行为属程序违法。但事实上，囿于司法解释的法律解释性质，法秩序并未发生变动。能够实质变更法秩序的活动，必须具有立法性质，而符合法定限定条件的司法解释并无任何立法性质，不会造成刑事诉讼法秩序的变动，亦不涉及时间效力规则的适用。根据立法法第104条第1款，对司法解释有三方面的限定：（1）司法解释须主要针对具体法律条文；（2）司法解释须符合立法的目的、原则和原意；（3）司法解释不得涉入立法解释的权力空间。上述限定将司法解释限缩至较狭窄的空间内：法律有明确规定的，司法解释的内容仅应涉及对条文表意的解读，禁止超越法律规定的范围；法律只有原则性规定的，司法解释必须符合立法的目的、原则和原意。换言之，司法解释附随于立法，它本身不是立法，不得创设、修改或废止法律规则。基于这种性质定位，2001年《最高人民法院、最高人民检察院关于适用刑事司法解释时间效力问题的规定》将刑事司法解释的时间效力范围与作为解释对象的法律作了同一性设定，其规定司法解释“自发布或者规定之日起施行，效力适用于法律的施行期间”。据此，前述《关于办理网络犯罪案件适用刑事诉讼程序若干问题的意见》即应视为对刑事诉讼法侦查管辖条款的解释，表达的是立法原意，公安机关的管辖权乃基于立案时有效的刑事诉讼法而取得，并无违法之虞，亦不存在时间效力的问题。

    然而，现实中大量司法解释往往超越其法定的权力范围，侵入立法领域，制定新的规则，出现了“司法解释立法化”的现象。如此一来，司法解释的出台仍可能导致刑事诉讼法秩序的实质变动。对于“立法性司法解释”，若按“效力适用于法律施行期间”处理，势必造成溯及既往的后果，但该问题源于司法解释本身越权违法，而非时间效力规则本身所能解决。

    三、审判监督程序的法律适用

    根据行为时法原则，诉讼活动应适用当时有效的法律。不过，在旧法时代作出生效判决，新法施行后需要再审改判的，因既可能涉及对已终结诉讼的审查，又须即行作出程序行为，其情形显得颇为复杂。概言之，法院办理审判监督案件，有四处须分别研判的新旧法律选择适用之场合：（1）申诉及再审理由的形式审查；（2）再审理由的实质审查；（3）再审程序的启动（或再审申诉的驳回）；（4）再审程序的进行。例如，案件于2008年被二审法院发回重审，一审法院重审加重了被告人刑罚并且判决生效；其后2012年刑事诉讼法新增“发回重审不加刑”的规定，当事人以此为由向法院提出再审申诉的，应如何处理？在此情形中，法院先须审查申诉理由在形式上是否符合再审的法定情形，继而审查已完结的诉讼程序是否违法，最后依法作出决定。首先，申诉理由的形式审查应适用新法。此情形的再审申诉发生于新法秩序下，按照行为时法原则，不但申诉应依据2012年刑事诉讼法提出，接到申诉后，法院亦仅得依据该法作形式审查，审查申诉的提出是否符合法定程序，再判断再审理由是否属于法定的五种情形之一。若申诉人提出“程序严重违法”的申诉形式上符合“违反法律规定的诉讼程序，可能影响公正审判”的再审情形，此时须转入实质审查。其次，诉讼程序违法与否的实质审查应适用旧法。判断诉讼程序是否违法，是对过去事实的查明，因该事实发生时新法尚不存在且新法不影响已终结程序的效力，故诉讼程序是否违法，仅得依照当时有效的1996年刑事诉讼法判断，这也是行为时法原则的要求。由于此情形中重审加刑不违反1996年刑事诉讼法，故对该再审申诉应予驳回。再次，作出驳回再审申诉的决定应适用新法。作为程序行为，对申诉的驳回自应依据当时有效的2012年刑事诉讼法作出，否则不生效力。

    启动后的再审程序应当适用新法。在聂树斌案的再审中，争点之一便是再审应选择适用1979年刑事诉讼法还是2012年刑事诉讼法。学界彼时集中于后果主义论证，将是否影响案件公平审理、何种法律有利于被告人等合理性问题纳入考量。事实上，此类讨论实无必要。根据行为时法原则，再审发生于新法秩序下，此时旧法已经失效，故程序只能按新法的规定进行。应予注意的是，再审程序的新法适用，并非如学者所述，是“对其生效前已经完成的诉讼行为和已终结的案件”的溯及既往。在聂树斌案再审申诉的实质审查中，法院按照行为时法原则适用1979年刑事诉讼法，认为以旧法的标准，有罪判决存在重大疑问；继而，因其符合2012年刑事诉讼法规定的再审启动情形，故依新法作出再审决定。再审决定生效时，原判决的既判力已被再审决定排除，过去完成的审判活动视为不存在，案件回复至原审级的通常程序，随后的审理（不论是提审还是指令再审）当然应适用新法，包括非法证据排除规则在内的新增制度皆须适用，并无溯及既往之虞。

    四、其他法律中刑事程序规定的适用

    刑事诉讼法时间效力适用的一般规则，不仅适用于刑事诉讼法，也适用于其他法律中有关刑事诉讼的程序规定。例如，2007年律师法关于辩护律师会见权与阅卷权等的新规定，虽然在后续实践中常被办案机关以“刑事诉讼法没有规定”为由抵制，但由于该规定显属刑事诉讼规范，故该法生效后，刑事诉讼法秩序便自动发生新法优于旧法的变更，因此办案机关应按行为时法原则，即行适用新的会见与阅卷规定。

    司法实践中另一较为突出的问题是刑法规定的追诉时效的计算。虽然追诉时效通常规定于实体法，但理论上对其性质并无定论，目前的国际司法标准与我国审判实践都倾向于将其视为程序规范。在程序法语境下，有关追诉时效的新法是否适用于过去的案件？近期破获的1992年南京医学院杀人案就再次引发了这一争议。简言之，1997年刑法新增追诉时效延长的规定，若案件在追诉期内已被立案侦查，该案便不受追诉期的限制。当行为人在旧法时代犯罪并被立案侦查，1997年时案件尚未超过追诉时效，但行为人到案时追诉时效已经届满的，应如何处理？审判机关通常认为，追诉时效的判断应从新适用1997年刑法，因案件存在追诉时效延长事由，故不受追诉时效限制。照理说，立案行为发生在新法生效前，根据行为时法原则，该行为的法律效果由当时的法律决定，既然旧法未规定立案得延长追诉时效，该行为便不产生时效延长效果，新法亦不得对其溯及变更。但是，立案行为的后果具有延续性，其事实一直持续至1997年刑法生效后，新法生效时，追诉时效延长的规定将接续适用于正在持续的立案事实，这属于“新程序用新法”，仍为行为时法原则的贯彻，审判机关的处理并无问题。