第一，发现犯罪线索不等同于掌握犯罪事实。　　

2009年，最高法、最高检《关于办理职务犯罪案件认定自首、立功等量刑情节若干问题的意见》第1条规定：“没有自动投案，在办案机关调查谈话、讯问、采取调查措施或者强制措施期间，犯罪分子如实交代办案机关掌握的线索所针对的事实的，不能认定为自首。”

而《意见》中使用的概念系掌握犯罪事实，可知，掌握犯罪事实与掌握线索完全是两个概念，前者所需证据要求远大于后者。　　

因立案都是基于一个以上线索，若一旦发现线索则视为已掌握犯罪事实，则在立案后行为人自动投案但未如实供述犯罪事实，此后在任何时候交代都属于公安机关掌握后交代，那么《意见》的规定将形同虚设，也有违我国自首制度中鼓励行为人改过自新之初衷。　　

第二，掌握犯罪事实是指有较为充分证据认定犯罪嫌疑人实施具体危害行为。　　

《意见》虽未明确规定如何认定公安机关“掌握”犯罪事实，但规定“如果该罪行已被通缉，一般应以该司法机关是否在通缉令发布范围内作出判断，不在通缉令发布范围内的，应认定为还未掌握；

如果该罪行已录入全国公安信息网络在逃人员信息数据库，应视为已掌握；如果该罪行未被通缉，也未录入全国公安信息网络在逃人员信息数据库，应以该司法机关是否已实际掌握该罪行为标准”。

根据刑事诉讼法、《公安机关办理刑事案件程序规定》相关规定，应当拘留、逮捕的犯罪嫌疑人如果在逃，公安机关可以发布通缉令或通过网上工作平台发布相关信息，而拘留、逮捕条件是具有较为充分证据证明行为人实施危害行为，且犯罪事实清楚。

由此类推，笔者认为掌握犯罪事实需要较为充分证据证实特定犯罪嫌疑人实施具体犯罪事实：　　

一方面，掌握犯罪事实应当有证据证实明确的犯罪嫌疑人。通俗讲就是知道犯罪是谁实施的，若连最基本的危害行为实施人还不确定，则不能认定为掌握犯罪事实。

另一方面，掌握犯罪事实应当有较为充足的证据认定犯罪嫌疑人实施具体危害行为。实践中，一般需要多个证据相互印证，以此证实具体危害行为。类似孤证或虽有两个证据以上但也无法证实犯罪嫌疑人实施具体犯罪行为的，则不认定为掌握犯罪事实。