司法机关在办理案件过程中，鉴定意见要作为定案的依据予以认定，应该具备以下几点：第一，鉴定机构要合法。鉴定机构应该具有法定的鉴定资质。鉴定机构从事检验鉴定活动，必须具有鉴定的资质。第二，鉴定人要有鉴定资格。鉴定人进行检验鉴定，必须具有鉴定资格。没有鉴定资格的鉴定人出具的鉴定意见，是非法的鉴定意见。非法的鉴定意见，根据刑事诉讼法等法律的规定，不能作为证据使用。第三，检材要符合检验鉴定的要求、客观真实。一份鉴定意见，送检的检材必须是客观的、真实的检材。如果送检的检材不是与案件有关联的，那么，出具的鉴定意见就不具有法律效力。第四，检验鉴定采用的方法要符合国家标准或行业标准。鉴定意见，要求鉴定的方法必须符合国家标准或者行业标准。如果鉴定意见采用的方法不符合国家标准或者行业标准，那么，鉴定机构出具的鉴定意见是不能够作为证据使用的。第五，鉴定意见必须符合相关的形式、实质要件。鉴定意见必须客观、科学、符合逻辑、符合形式要件等。如果不符合逻辑、不科学、不客观，那么，这样的鉴定意见不能采用。

在司法机关办理案件过程中，鉴定意见具有以下几种情况，要作为非法证据被排除：

　　鉴定机构没有鉴定资质，它出具的鉴定意见作为非法证据要被排除。申请从事司法鉴定的个人、法人或者其他组织，必须经省级人民政府司法行政部门审核，只有通过审核的个人、法人或者其他组织，才能够从事司法鉴定。法人或者其他组织从事司法鉴定，应当具备以下几个条件，一是明确的业务范围；二是进行鉴定必需的设备、仪器；三是必须依法通过实验室认可或者通过计量认证的检测实验室；四是每项司法鉴定业务有三名以上的鉴定人。鉴定机构进行鉴定必须具备相应的条件，不具备就不能从事检验鉴定，出具的鉴定意见也要被排除。

　　鉴定人没有鉴定资格，出具的鉴定意见作为非法证据要被排除。鉴定人具备下列条件之一的，可以从事司法鉴定业务，一是具有与所申请从事的司法鉴定相关的高级专业技术职称；二是具有与所从事的司法鉴定业务相关的专业执业资格或者高等院校相关专业本科以上学历，从事相关工作五年以上；三是具有从事所申请的司法鉴定业务相关工作十年以上，具有较强的专业技能。因故意犯罪或者职务过失犯罪受过刑事处分的，受过开除公职以及被撤销鉴定人登记的人员，不得从事司法鉴定业务。如果鉴定人从事司法鉴定必须具有鉴定资格，否则，鉴定意见则会被排除。

　　检材被污染或者腐败被排除。最常见的是，在血液乙醇含量鉴定过程中，公安机关在采集血液时，用了酒精消毒后采集血液或者血液腐败变质，那么，鉴定结果肯定受影响。依据被污染或腐败的检材出具的鉴定意见，司法机关不应该采信该鉴定意见。

　　鉴定意见与其他证据相互矛盾被排除。在审查证据时，要综合、全面审查，如果矛盾不能得到合理解释，鉴定意见可能要被排除。根据证明标准、证据体系的要求，证据之间应该没有矛盾，或者如果有矛盾，矛盾应该得到合理的解释。